干細胞實驗室針對的研究對象是具有完整生命體的生物單位，對無菌室的要求非常高，因此實驗室設計規劃建設需要統籌全局，確保實驗環境無菌操作，避免微生物及其它有害因素的影響。那么干細胞實驗室設計要如何進行呢？
一、基本實驗室
1、洗滌間
根據工作量的大小決定其大小，一般面積控制在30-50㎡。在實驗室的一側設置專用的洗滌水槽，用來清洗玻璃器皿。中央實驗臺還應配置2個水槽，用于清洗小型玻璃器皿。如果工作量大，可以購置一臺洗瓶機。準備1-2個洗液缸，專門用于洗滌對潔凈度要求很高的玻璃器皿。此外還應配置落水架、干燥箱、柜子、超聲波清洗器等。地面應耐濕并排水良好。
2、培養基配制間
面積60平方米左右，配備的主要儀器設備有：冰箱、天平、微波爐、PH計、培養基分裝器、藥品柜、器械柜、抽氣泵、電爐、各種規格的培養瓶、培養皿、移液管、燒杯、量筒、容量瓶、儲藏瓶等。冰箱以體積180-200L為宜，用于儲存培養基母液、激素維生素等貴重藥品、彩色膠卷、及保存植物材料。天平應有不同感量。
3、消毒間
配備實驗臺、高壓自凈鍋、排風滅火設備、細菌過濾設備、干熱消毒柜、電爐等。自凈鍋的選擇應根據不同的要求選擇不同型號的自凈鍋。一般實驗室可選用小型的醫用手提式高壓自凈鍋，較大的實驗室可選用立式自動控制壓力和溫度的自凈鍋。生產性的實驗室可選用大型的臥式自凈鍋。
如果沒有條件的話，可以將上述工作間合并成一個準備間，要求是設備的安裝和排列要合理、房間要寬敞、明亮、透風，地面要便于清潔、防滑。
4、無菌操作室
無菌操作室主要用于實驗材料的接種操作，所以又叫接種室。通常由里外兩間組成，外間是緩沖間，用于準備工作，還有防止污染的作用。緩沖間的門應該與接種室的門錯開，兩個門不要同時開啟，以保證無菌室不因開門和人的進出帶進雜菌。
緩沖間內應該設有水槽、實驗臺、鞋帽架、和柜子、紫外燈。無菌操作室的內壁應當用塑鋼板或瓷磚裝修，工作人員進入操作間前要穿上消過毒的工作服和拖鞋。室內應配有超凈工作臺，紫外燈、解剖鏡、各種接種器械等。
5、培養室
為了控制培養室的溫度和光照時間及其強度，培養室的房間不要窗戶，但應當留一個通氣窗，并安上排氣扇。室內溫度由空調控制，光照由日光燈控制。天花板和內墻最好用塑料鋼板裝修，地面用水磨石或瓷磚鋪設，一般要分兩間，一為光照培養室，一為暗培養室。培養室外應有一預備間或走廊。
培養室應配有培養架、轉床、搖床、光照培養箱、生化培養箱、自動控時器等。日光燈一般用40W，固定在培養架的側面或擱板的下面，每層有兩支日光燈，距離在20cm，光照強度為2000-3000lx。
二、輔助實驗室
1、鑒定室
細胞學鑒定室其功能是對培養材料進行細胞學鑒定和研究。要求清潔、明亮、干燥，使各種光學儀器不受潮濕和灰塵污染。應配置各種顯微鏡、照相系統等。生化分析室在以培養細胞產物為主要目的的實驗室中，應建立相應的分析化驗實驗室，以便于對培養物的有效成分隨時進行取樣檢查。離心機、酶聯免疫檢測儀、天平、PCR儀等。
2、溫室用于試管苗的鍛煉和移植，為試管苗提供滿足生長的適宜環境條件。常用設備有：溫室、彌霧裝置、蔭棚、移栽床、缽、盆、基質等。
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